司法机关关于行为人故意伤害案证据不足的处理有：机关在侦查阶段发现证据不足的，可以补充侦查；人民在审查案件阶段发现证据不足的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。二次侦查后仍然证据不足的，依法作出不起诉的决定；被告人最后陈述后证据不足的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的判决。
一、怎么能够退回补充侦查
1、人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
2、对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。
3、对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、补充侦查的期限是多久?
补充侦查，是指机关或者人民依照法定程序，在原有侦查工作的基础上，对案件中的部分事实情况作进一步调查、补充证据的一种诉讼活动。人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这既指退回机关补充侦查的案件，也包括人民自侦案件中决定退回补充侦查的案件。
三、诈骗立案证据不足撤案概率
在侦查阶段，依据《刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民。
在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
在审判阶段，在人民宣告判决前，人民发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
